La chambre régionale des comptes de Bourgogne - Franche-Comté est dirigée par le président, conseiller maître de la Cour des comptes.
Le ministère public est assuré par la procureure financière, magistrate déléguée dans ces fonctions.
Les sections
La chambre régionale des comptes de Bourgogne, Franche-Comté comporte deux sections :
- la 1re section est compétente pour la Bourgogne
- la 2e section est compétente pour la Franche-Comté
Chaque section est présidée par un magistrat président de section et composée de magistrats premiers conseillers ou conseillers. Les vérificateurs participent, sous la direction et l'autorité des magistrats auprès desquels ils sont affectés, aux travaux de contrôle.
Le secrétaire général assure, sous l'autorité du président de la chambre régionale des comptes, le fonctionnement du greffe, de la documentation et des services administratifs.